Chùa có từ thời vua Trần Thánh Tông. Năm 1647, chùa được Hoàng thái hậu Trịnh Thị Ngọc Trúc và công chúa Lê Thị Ngọc Duyên trùng tu và xây dựng lại.

Chùa thuộc huyện Thuận Thành, tỉnh Bắc Ninh. Đến thăm chùa vào một trưa hè oi nóng, vắng vẻ. Bên ngoài chỉ có dăm ba hàng quán bán hương và đồ ăn. Bước chân vào qua cánh cổng chùa tôi cứ ngỡ như vừa bước qua cánh cửa thời gian.

Cả không gian được bao phủ bởi nét cổ kính, hoang sơ với hai cây đa cổ thụ vẫn vững chãi trầm ngâm mặc bao sương gió đã đi qua, với những đám cỏ mọc rất hiền hòa dưới lối đi, thoang thoảng đâu đây là hương thơm dịu dàng của những đóa sen.

Chùa rất rộng, có cấu trúc thành nhiều tòa, được ngăn cách nhau bởi những khoảng trống lộ thiên, khác với nhiều ngôi chùa thường xây dựng theo kiểu liền tòa.

Kiến trúc chùa được bố trí cân xứng, chặt chẽ ở khu vực trung tâm, nhưng lại tự nhiên ở khu vực xung quanh. Quanh các điện thờ là hai hàng cau thẳng tắp “mà hương cau ngan ngát quanh vườn trầu”.

Ngay trong chùa, bao quanh chiếc cầu đá nối giữa Thượng điện và Tích thiện cũng có một đầm sen nhỏ càng làm khung cảnh thêm hiền hòa, tĩnh tại. Trên đầu cầu là hai con sư tử đá và rất nhiều hoa văn, họa tiết được chạm trổ  cầu kì ,tinh vi, thể hiện giá trị nghệ thuật tinh xảo thời bấy giờ. Ngồi ở vị trị này, ta có thể nhìn ngẵm được những nét đẹp rất riêng của chùa. Rất nhiều bạn trẻ đến với chùa đã chọn chiếc cầu đá làm nơi lưu lại những hình ảnh kỉ niệm. 

Năm 1876, khi vua Tự Đức đi qua đây thấy có cây tháp khổng lồ nên đã gọi là Bút Tháp. Đó chính là Tháp Bảo Nghiêm, tọa lạc ngay giữa khu vườn yên tĩnh ngập tràn bóng cây với hương bưởi thơm ngát trên đỉnh có hình nậm rượu, 5 tầng, 8 mặt, cao 13m, thờ hòa thượng Chuyết Chuyết, vị sư tổ của chùa. Ngày nay, Bảo Nghiêm vẫn uy nghi in bóng nên nền trời xanh ngắt đầy uy nghiêm.

Ngoài Tháp Bảo Nghiêm, chùa còn có tháp Tôn Ðức 5 tầng, cao 10m là nơi thờ thiền sư Minh Hành, vị tổ thứ hai của chùa. Điều đặc biệt là trên đỉnh tháp vẫn có cây cỏ phát triển. 

 Nhắc đến chùa Bút Tháp người ta không thể không nhắc tới bức tượng  Bồ tát Quan Thế Âm thiên thủ thiên nhãn bằng gỗ lớn nhất Việt Nam, ngoài ra còn có bộ tượng tam thế, tượng Quan âm tọa sơn, tượng Văn Phù và Phổ Hiền Bồ Tát, các phong tượng hậu bằng gỗ như tượng Hoàng Thái hậu Trịnh Thị Ngọc Trúc, tượng Công chúa Lê Thị Ngọc Duyên, tượng Quận chúa Trịnh Thị Ngọc Cơ và rất nhiều các pho tượng cổ khác, là những tác phẩm nghệ thuật vô giá.

Thế nhưng, cuốn hút nhất với tôi có lẽ là toà "Cửu phẩm Liên Hoa". Toà bằng gỗ, gồm 9 tầng có khắc tượng phật xung quanh. Ðiều đặc biệt là nó có thể quay được và không hề phát ra tiếng kêu dù được làm từ mấy thế kỷ! 

 Đến với chùa Bút Tháp, tôi không chỉ có cảm giác đặt chân đến một địa điểm in đậm dấu ấn thời gian mà còn như được lật mở cuốn sách chứa đựng biết bao giá trị văn hóa, nghệ thuật của quá khứ còn đang chờ đợi được khám phá và giữ gìn.